D-kloprostenol natrij in L-kloprostenol natrij sta enantiomera, kar pomeni, da sta zrcalni sliki drug drugega in imata različno prostorsko razporeditev atomov. Ločevanje natrijevega D-kloprostenola od natrijevega L-kloprostenola običajno vključuje tehnike kiralnega ločevanja. Tu sta dve običajni metodi, ki se uporabljata za takšno ločevanje:
Kiralna kromatografija: Kiralna kromatografija je široko uporabljena tehnika za enantiomerno ločevanje. Vključuje uporabo kiralne stacionarne faze, ki je kolona ali smola, ki vsebuje kiralni selektor. Kiralni selektor deluje drugače z enantiomeri, kar vodi v njihovo diferencialno zadrževanje in ločevanje. Kolona je napolnjena s kiralno stacionarno fazo, zmes natrijevega D-kloprostenola in natrijevega L-kloprostenola pa gre skozi kolono pod posebnimi pogoji mobilne faze. Ko gredo spojine skozi kolono, drugače delujejo s kiralno stacionarno fazo, kar ima za posledico ločitev enantiomerov.
Encimsko ločevanje: Encimsko ločevanje je še ena metoda, ki se uporablja za ločevanje enantiomerov. Vključuje uporabo encimov, ki selektivno sodelujejo z enim enantiomerom in ga pretvorijo v produkt, drugi enantiomer pa ostane nespremenjen. Na primer, encim lahko selektivno katalizira reakcijo z natrijevim D-kloprostenolom, ne pa tudi z natrijevim L-kloprostenolom. Z uporabo te razlike v reaktivnosti je mogoče dva enantiomera ločiti. Encimsko ločevanje lahko izvedemo v raztopini ali z imobiliziranimi encimi na trdnih nosilcih.
Pomembno je omeniti, da je uporabljena posebna metoda ločevanja lahko odvisna od dejavnikov, kot so lastnosti enantiomerov, želena čistost ločenega enantiomera in razpoložljivost ustreznih tehnik ločevanja. Poleg tega lahko ločevanje D-kloprostenola natrija in L-kloprostenola natrija izvedejo farmacevtski proizvajalci in lahko vključuje lastniške postopke, specifične za njihove proizvodne postopke.